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微生物測序

發布時間: 2021-07-31 02:56:53

① 微生物基因組測序 精細圖 多少

這個要根據基因組大小來決定的,公司不同價格也不同,我們這有的實驗室(細菌)做完基因組測序才8000左右,比較便宜,真菌的比較貴,具體多少還真不清楚了

② 腸道微生物基因組測序需要多少錢

腸道微生物基因組測序需要多少錢
全基因組測序,就是檢測出全部30億個鹼基對是怎麼排列的,從第一個到第30億個,一個都不落下。它是檢測人類所有基因組信息,不針對任何單個疾病或者因素的基因,但又囊括了之前所有單個基因檢測要用到的信息。要根據基因組的大小決定的。而且選擇測序的儀器也有區別。您如果自己購買儀器測序價格自然又有不同了。比如測一個5M的基因組,基本上用第二代測序儀器一個run即可完成,大概需要15萬RMB(含稅價格)。

③ 微生物群落多樣性測序數據怎麼處理

微生物群落多樣性測序數據怎麼處理
微生物群落測序是指對微生物群體進行高通量測序,通過分析測序序列的構成分析特定環境中微生物群體的構成情況或基因的組成以及功能。藉助不同環境下微生物群落的構成差異分析我們可以分析微生物與環境因素或宿主之間的關系,尋找標志性菌群或特定功能的基因。對微生物群落進行測序包括兩類,一類是通過16s rDNA,18s rDNA,ITS區域進行擴增測序分析微生物的群體構成和多樣性;還有一類是宏基因組測序,是不經過分離培養微生物,而對所有微生物DNA進行測序,從而分析微生物群落構成,基因構成,挖掘有應用價值的基因資源。以16s rDNA擴增進行測序分析主要用於微生物群落多樣性和構成的分析,目前的生物信息學分析也可以基於16s rDNA的測序對微生物群落的基因構成和代謝途徑進行預測分析,大大拓展了我們對於環境微生物的微生態認知。目前我們根據16s的測序數據可以將微生物群落分類到種(species)(一般只能對部分菌進行種的鑒定),甚至對亞種級別進行分析,幾個概念:16S rDNA(或16S rRNA):16S rRNA 基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因,長度約為1542bp,其分子大小適中,突變率小,是細菌系統分類學研究中最常用和最有用的標志。16S rRNA基因序列包括9個可變區和10個保守區,保守區序列反映了物種間的親緣關系,而可變區序列則能體現物種間的差異。16S rRNA基因測序以細菌16S rRNA基因測序為主,核心是研究樣品中的物種分類、物種豐度以及系統進化。OTU:operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培養分析中經常用到,通過提取樣品的總基因組DNA,利用16S rRNA或ITS的通用引物進行PCR擴增,通過測序以後就可以分析樣品中的微生物多樣性,那怎麼區分這些不同的序列呢,這個時候就需要引入operational taxonomic units,一般情況下,如果序列之間,比如不同的 16S rRNA序列的相似性高於97%就可以把它定義為一個OTU,每個OTU對應於一個不同的16S rRNA序列,也就是每個OTU對應於一個不同的細菌(微生物)種。通過OTU分析,就可以知道樣品中的微生物多樣性和不同微生物的豐度。測序區段:由於16s rDNA較長(1.5kb),我們只能對其中經常變化的區域也就是可變區進行測序。16s rDNA包含有9個可變區,分別是v1-v9。一般我們對v3-v4雙可變區域進行擴增和測序,也有對v1-v3區進行擴增測序。

④ 微生物研究有哪些高通量測序手段

如何讀懂微生物測序數據質量宏基因組是指特定環境中全部生物(微生物)遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定,以獲得單個樣品的飽和數據量,可進行微生物群體的基因組成及功能注釋,微生物群體的物種分類,多樣性分析,群落結構分析,樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究,探索微生物與環境及宿主之間的關系,發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比,基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫,這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差,簡化了實驗操作,提高了測序效率。此外,宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制,擴展了微生物資源的利用空間,為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性,挖掘具有應用價值的基因資源,應用於開發新的微生物活性物質,為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

⑤ 求助微生物高通量測序

首先說自己做DIY,提取微生物的DNA(一般用提取DNA的試劑盒),並測定DNA濃度和純度,然後是做PCR擴增(引物為16S rRNA基因的通用引物,帶barcode的515F/907R),接下來是純化PCR產物(純化試劑盒),構建library,送去測序。
如果你圖省事,直接把微生物樣品送到測序公司,一手交錢、一手拿數據,他們可以幫你做好這一切。

⑥ 培養的微生物怎麼拿去測序

你要先用工具將細菌的DNA分離提取出來,具體步驟不同的工具會有不同的說明,分離純化之後送交專門的檢測機構就好了啊,別忘了告訴他們你要測什麼序列,是16sRNA還是全基因組測序

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