微生物高通量測序

⑴ 有做高通量測序，研究微生物群落的蟲子嗎

基於高通量測序技術下土壤微生物群落結構的研究

土壤微生物是土壤中乃至生態系統的重要組成部分,在土壤的形成與發育、有機質分解、物質轉化與能量傳遞、地球生物化學循環與生物修復等方面均起著重要的作用。土壤微生物對環境的作用即微生物的功能多樣性主要是通過多種多樣的代謝方式和生理功能來實現的,因此微生物多樣性可以被認為是評價自然或人為干擾引起的土壤變化的重要指示因子。由於微生物對生態系統作用這么明顯,所以研究黃河三角洲的鹽鹼地土壤的土壤微生物有非常深遠的意義。近年來,黃河三角洲濕地生態系統的脆弱性得到了許多研究者的關注。土壤微生物能夠改善濕地生態系統的穩定性,其分布的地域規律性以及鹽生植被演替對其的響應規律是近年來研究的熱點,黃河三角洲濕地也就成為研究土壤微生物群落結構的重要場所。 本研究在黃河三角洲黃河口自然保護區內,選取一條能夠代表植被原生演替過程的典型濕地植物群落帶進行研究。由與海岸線距離遠近,順序為光板地→翅鹼蓬群落→檉柳群落→獐茅群落→羅布麻群落→白茅群落→棉花群落。通過測定土壤中水分含量、電導率、活性有機質、水溶性磷、腐殖質、鹼解氮及過氧化氫酶、脲酶,研究植被原生演替過程中0-20cm深度下土壤理化性質的變化規律。 利用高通量測序技術對黃河三角洲濕地不同植被下土壤中微生生物進行測序,得到了土壤微生物從在門、綱、目、科、屬上各細菌的群落組成。所有30874條序列分屬於細菌的17個門,其中主要的門主要包括Proteobacteria（變形菌門）、Bacteroidetes（擬桿菌門）、Actinobacteria （放線菌門）、Planctomyctes（浮黴菌門）、Firmicutes（厚壁菌門）、Acidobacteria（酸桿菌門）、 Chloroflexi（綠彎菌門）、Verrucomicrobia（疣微菌門）,所佔比例分別為44.67%、7.05%、9.2%、2.16%、2.15%、6.36%、1.70%、1.07%,其中屬於Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Acidobacteria門的序列總和佔全部序列的67.28%,這些微生物為優勢菌種,其中變形菌門為主要優勢類群。這表明盡管取樣地點不同,但是處於相同生境中微生物類群的相似性。然而,不同植被類型階段的主要土壤微生物群落結構也存在明顯不同。 通過研究不同演替下植被對土壤微生物群落結構的影響,可知Proteobacteria、Actinobacteria和Acidobacteria的相對豐富度有顯著性差異,其中Proteobacteria是優勢類群。在重鹽脅迫下,Chloroflexi、Bacteroidetes和Acidobacteria的相對豐富度有顯著性差異。在輕鹽脅迫下,Proteobacteria、Chloroflexi、Bacteroidete和Acidobacteria的相對豐富度有顯著性差異。在耕作下,Proteobacteria和Bacteroidetes的相對豐富度較演替植被白茅有下降趨勢,說明除含鹽量外,還有其他因素會對土壤微生物的群落結構產生影響。運用計算公式計算出土壤微生物的生物多樣性指數。知光板地土壤中細菌多樣性相對最少,隨著植被的覆蓋細菌多樣性有增加趨勢。通過對理化性質對各土壤微生物的相對豐富度及微生物多樣性指數進行研究,得出除電導率外,脲酶活性和土壤腐殖質是影響土壤微生物相對豐富度和微生物多樣性指數的主要因素。

⑵ 微生物研究有哪些高通量測序手段

如何讀懂微生物測序數據質量宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

⑶ 求助微生物高通量測序

首先說自己做DIY，提取微生物的DNA（一般用提取DNA的試劑盒），並測定DNA濃度和純度，然後是做PCR擴增（引物為16S rRNA基因的通用引物，帶barcode的515F/907R），接下來是純化PCR產物（純化試劑盒），構建library，送去測序。
如果你圖省事，直接把微生物樣品送到測序公司，一手交錢、一手拿數據，他們可以幫你做好這一切。

⑷ 土壤微生物高通量測序價格多少錢

根據樣本量不同而定價，一般會在500塊范圍不等

⑸ 微生物群落高通量測序小白來取經求助

在人體腸道中生活著數以萬億的共生菌群，它們的種類繁多，可達上千種，數量也很驚人，是人體細胞總量的10倍以上，迄今為止，仍有80%以上的微生物不為人知。這些腸道微生物和人體存在著互利共生的關系，對於維持人類的健康發揮著重要的作用。它們在腸道中保持著一種動態的平衡，能夠合成維生素、幫助人體從食物中吸收營養、維持腸道免疫系統功能、抵擋有害微生物的侵害，但是當這種平衡因某些因素被打破致使腸道菌群發生紊亂時，人體就可能患上諸如肥胖症、糖尿病、腸炎甚至癌症等疾病。為了加深對人類疾病發生原因、葯物作用機理的理解，繼人類基因組計劃之後，科學家們又啟動了人類元基因組計劃，這使腸道菌群的研究迎來了一個新的浪潮。
在以往的腸道微生物群落多樣性研究中，人們主要採用DGGE等分子生物學方法及生物晶元對腸道菌群進行研究，但是這些方法都存在一定的缺陷。如DGGE只能檢測到環境樣品中十幾種優勢菌，但是對痕量微生物卻束手無策；電泳條帶中包含不只一種16S rDNA序列，要獲悉具體的菌種信息，還需進行克隆、測序，實驗操作繁瑣；此外，採用這種方法不能反映微生物的豐度情況。而生物晶元通過固定在晶元上的探針來獲得微生物多樣性的信息，「只能驗證已知，卻無法探索未知」，通過信號強弱判斷微生物的豐度也不是非常的准確。新一代高通量測序技術自2005年問世以來，以其數字化信號、高數據通量、高測序深度、高准確率等特點，已被廣泛的應用於腸道菌群的研究中，發表的論文達60多篇，其中不乏發表於Nature、PNAS、Genome Res、Gut、Gastroenterology等國際頂尖雜志上的文章。Roche 454測序平台由於讀長較長，達300～500bp，能跨越16S rDNA序列一個或幾個可變區，是微生物多樣性研究的最佳平台，使用該平台發表的關於腸道菌群的論文達50多篇。美吉生物擁有Roche 454測序平台，在腸道微生物群落多樣性研究方面積累了大量的成功案例。
美吉生物研究人員通過大量相關文獻的閱讀，發現高通量測序技術在腸道菌群多樣性研究中的應用主要聚焦於以下幾個方面：① 飲食、能量攝取、肥胖與腸道菌群之間的關系；② 腸道菌群與疾病發生之間的關聯；③ 抗生素治療對腸道菌群的影響；④ 不同個體腸道微生物群落結構及其受其他外界因素（壓力、致病菌感染、手術）的影響等。

⑹ 高通量測序對菌體濃度有要求嗎

宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

技術流程

生物信息分析

1. 原始數據整理、過濾及質量評估

2. 基於物種豐度分析：

?物種豐度列表

?稀釋曲線

3. 基於物種豐度分析：

?豐度分布曲線圖

?生物多樣性指數（α多樣性）列表

?物種豐度差異性分析列表

?多樣品物種分布柱圖

?豐度差異物種聚類分析

?PCA圖

?Krona圖

4. 基因豐度列表：

?提取基因分級注釋豐度列表（KO、NOG、subsystem）

?功能基因列表

?生成venn圖

?基因豐度差異性分析列表

?豐度差異基因聚類分析

?富集分析（KO）

樣品要求

1、樣品採集：樣品採集條件的一致是最為重要的環節，嚴格按照采樣標准采樣，采樣後立即封存樣品冷凍保存。

2、樣品DNA：環境因素異常復雜，許多物質或抑制因子影響後續PCR、測序文庫構建和序列測定，常規提取方法不一定適合，建議採用專用試劑盒提取。DNA濃度≥20 ng/μl，總量≥6 μg（熒光定量），並確保電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無降解；提供DNA電泳檢測照片，用自封袋密封後隨樣品一起送樣；組織樣品﹥1.5 g。

3、樣品保存期間切忌反復凍融。

4、送樣管務必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。

⑺ 微生物多樣性高通量測序norank什麼意思

比對資料庫中出現一些分類學譜系中的中間等級沒有科學名稱，用 norank做標記。即此等級未定名。

⑻ 怎麼利用高通量數據分析微生物群落j結構

如果序列之間，利用16SrRNA或ITS的通用引物進行PCR擴增。對微生物群落進行測序包括兩類，從而分析微生物群落構成，每個OTU對應於一個不同的16SrRNA序列,核心是研究樣品中的物種分類。測序區段，目前的生物信息學分析也可以基於16srDNA的測序對微生物群落的基因構成和代謝途徑進行預測分析，一般情況下，大大拓展了我們對於環境微生物的微生態認知：16SrDNA（或16SrRNA），而可變區序列則能體現物種間的差異，通過測序以後就可以分析樣品中的微生物多樣性，保守區序列反映了物種間的親緣關系，是不經過分離培養微生物，一類是通過16srDNA，其分子大小適中，那怎麼區分這些不同的序列呢，18srDNA：由於16srDNA較長（1。目前我們根據16s的測序數據可以將微生物群落分類到種（species）（一般只能對部分菌進行種的鑒定）。16SrRNA基因序列包括9個可變區和10個保守區。通過OTU分析。藉助不同環境下微生物群落的構成差異分析我們可以分析微生物與環境因素或宿主之間的關系。一般我們對v3-v4雙可變區域進行擴增和測序，基因構成基因測序分析微生物菌群結構NA是什麼意思微生物群落測序是指對微生物群體進行高通量測序.5kb），這個時候就需要引入operationaltaxonomicunits。以16srDNA擴增進行測序分析主要用於微生物群落多樣性和構成的分析，而對所有微生物DNA進行測序，長度約為1542bp，通過分析測序序列的構成分析特定環境中微生物群體的構成情況或基因的組成以及功能，ITS區域進行擴增測序分析微生物的群體構成和多樣性，通過提取樣品的總基因組DNA：16SrRNA基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因，分別是v1-v9，是細菌系統分類學研究中最常用和最有用的標志，就可以知道樣品中的微生物多樣性和不同微生物的豐度、物種豐度以及系統進化：operationaltaxonomicunits(OTUs)在微生物的免培養分析中經常用到，突變率小，幾個概念，也有對v1-v3區進行擴增測序，挖掘有應用價值的基因資源，我們只能對其中經常變化的區域也就是可變區進行測序。OTU；還有一類是宏基因組測序，也就是每個OTU對應於一個不同的細菌（微生物）種。16SrRNA基因測序以細菌16SrRNA基因測序為主，尋找標志性菌群或特定功能的基因。16srDNA包含有9個可變區，比如不同的16SrRNA序列的相似性高於97%就可以把它定義為一個OTU，甚至對亞種級別進行分析