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微生物测序

发布时间: 2021-07-31 02:56:53

① 微生物基因组测序 精细图 多少

这个要根据基因组大小来决定的,公司不同价格也不同,我们这有的实验室(细菌)做完基因组测序才8000左右,比较便宜,真菌的比较贵,具体多少还真不清楚了

② 肠道微生物基因组测序需要多少钱

肠道微生物基因组测序需要多少钱
全基因组测序,就是检测出全部30亿个碱基对是怎么排列的,从第一个到第30亿个,一个都不落下。它是检测人类所有基因组信息,不针对任何单个疾病或者因素的基因,但又囊括了之前所有单个基因检测要用到的信息。要根据基因组的大小决定的。而且选择测序的仪器也有区别。您如果自己购买仪器测序价格自然又有不同了。比如测一个5M的基因组,基本上用第二代测序仪器一个run即可完成,大概需要15万RMB(含税价格)。

③ 微生物群落多样性测序数据怎么处理

微生物群落多样性测序数据怎么处理
微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关系,寻找标志性菌群或特定功能的基因。对微生物群落进行测序包括两类,一类是通过16s rDNA,18s rDNA,ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性;还有一类是宏基因组测序,是不经过分离培养微生物,而对所有微生物DNA进行测序,从而分析微生物群落构成,基因构成,挖掘有应用价值的基因资源。以16s rDNA扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析,目前的生物信息学分析也可以基于16s rDNA的测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析,大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。目前我们根据16s的测序数据可以将微生物群落分类到种(species)(一般只能对部分菌进行种的鉴定),甚至对亚种级别进行分析,几个概念:16S rDNA(或16S rRNA):16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区,保守区序列反映了物种间的亲缘关系,而可变区序列则能体现物种间的差异。16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。OTU:operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培养分析中经常用到,通过提取样品的总基因组DNA,利用16S rRNA或ITS的通用引物进行PCR扩增,通过测序以后就可以分析样品中的微生物多样性,那怎么区分这些不同的序列呢,这个时候就需要引入operational taxonomic units,一般情况下,如果序列之间,比如不同的 16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU,每个OTU对应于一个不同的16S rRNA序列,也就是每个OTU对应于一个不同的细菌(微生物)种。通过OTU分析,就可以知道样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度。测序区段:由于16s rDNA较长(1.5kb),我们只能对其中经常变化的区域也就是可变区进行测序。16s rDNA包含有9个可变区,分别是v1-v9。一般我们对v3-v4双可变区域进行扩增和测序,也有对v1-v3区进行扩增测序。

④ 微生物研究有哪些高通量测序手段

如何读懂微生物测序数据质量宏基因组是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以获得单个样品的饱和数据量,可进行微生物群体的基因组成及功能注释,微生物群体的物种分类,多样性分析,群落结构分析,样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究,探索微生物与环境及宿主之间的关系,发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比,基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库,这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差,简化了实验操作,提高了测序效率。此外,宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制,扩展了微生物资源的利用空间,为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质,为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

⑤ 求助微生物高通量测序

首先说自己做DIY,提取微生物的DNA(一般用提取DNA的试剂盒),并测定DNA浓度和纯度,然后是做PCR扩增(引物为16S rRNA基因的通用引物,带barcode的515F/907R),接下来是纯化PCR产物(纯化试剂盒),构建library,送去测序。
如果你图省事,直接把微生物样品送到测序公司,一手交钱、一手拿数据,他们可以帮你做好这一切。

⑥ 培养的微生物怎么拿去测序

你要先用工具将细菌的DNA分离提取出来,具体步骤不同的工具会有不同的说明,分离纯化之后送交专门的检测机构就好了啊,别忘了告诉他们你要测什么序列,是16sRNA还是全基因组测序

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