微生物基因組測序

⑴ 微生物基因組測序結果個性化分析都有那些內容

就是根據客戶要求完成精細圖、框架圖、完成圖，以及功能基因分析（如耐葯基因分析）、進化分析、毒力分析等等，也可以根據要求者的具體實驗提出的具體問題進行分析。

⑵ 目前已經完成基因組測序的三大類微生物主要是

推薦答案那個是錯誤的，這道填空題的答案是模式微生物，特殊微生物，醫用微生物，樓主可別填錯了。詳見微生物學課後習題答案_沈萍_陳向東版第一章。

⑶ 微生物的基因組分析後會得到哪些重要信息

微生物全基因組測序中完成Gap closure的意義與方法
微生物是地球上種類最多、數量最大、分布最廣的生物群，與人類、動植物和環境有著密切的相互作用，同時也是工業生物技術的核心及重要的國際競爭戰略資源。隨著測序技術的不斷進步以及測序成本的不斷降低，越來越多的微生物基因組序列得到測定，其中包括一些重要的病原微生物、工業微生物、極端微生物以及生物學研究中有重要意義的一些模式微生物。
隨著新一代測序技術的商業化應用，使得測序成本不斷降低，測序通量不斷提高，越來越多的微生物基因組得到測定，極大地促進了微生物基因組學的發展。然而，由於測序讀長短、數據量大、基因組結構復雜以及測序過程中的偏向性等原因，使得已完成測序的一些物種的基因組中含有數目不等的空缺區域。據統計，自2008年以來GenBank釋放的5276個微生物基因組序列中僅有32% (1692)是完整序列。基因組空缺區域中可能存在重要的生物學信息，如果不能補齊所有的Gap，不僅無法獲得完整的基因組圖譜，還會給後續的基因組信息解讀(操縱子結構、基因調控、SNP分析以及比較基因組等)造成困難。因此，完整微生物基因組序列的獲得需要在完成測序之後對空缺區域進行填充，即將測序拼裝後生成的疊聯群(Contig)之間的Gap進行填充，然後按照一定的次序和方向拼裝生成一條完整的基因組序列(完成圖)，這個過程稱之為基因組的Gap closure(或補洞)。
Gap closure的關鍵在於准確定位不同Contig之間的相對位置關系(Linkage關系)，一旦位置關系確定，即可通過PCR擴增Gap區域序列或是文庫克隆步移測序的方式補齊Gap區域。然而，由於一些微生物基因組GC含量高、重復序列數目多且長度大(插入序列、rDNA操縱子、大片段重復等)以及NGS測序讀長較短等原因造成測序偏向性高、拼接後生成過多的Contig，從而增加了Gap closure的難度。此外，缺少基因組參考序列或是與參考序列比對同源性低等因素，使得生成的Contig無法有效定位，也會導致Gap closure難度增加，因此Contig定位被認為是微生物基因組Gap closure過程中最困難和最耗時的階段。一些生物信息學軟體被開發用於微生物基因組的Gap closure，並取得了一定的效果；但對於基因組中的高度重復區域和低覆蓋率區域的干擾仍無法有效解決，必需藉助實驗手段獲得額外的序列信息才能最終完成基因組的Gap closure，因而應用的范圍和准確性受到一定限制。
提高測序覆蓋率在一定程度上可以有效減少基因組中的Gap，但成本相對較高，並且對於一些復雜的微生物基因組效果有限，如454二代測序覆蓋率為10×時，喜溫硫桿菌SM-1測序後生成的Gap數目為400個；測序覆蓋率提高至25×時，Gap數目減少至280個；但當測序覆蓋率繼續提高至38×時，Gap數目進入平台期(276個)，相比25×測序覆蓋率時僅減少了4個，已經不能再單純通過提高覆蓋率來減少Gap數目。因此，對於復雜的微生物基因組，需要將基因組的Gap closure分為幾個階段，針對不同階段採用相應的策略進行：如果Gap數目大於200個，可以通過構建基因組文庫、Paired-End測序或者採用基因組光學圖譜技術的策略確定Contig之間的相對位置和順序，然後再依次關閉Contig之間的Gap區域；當Ga數目小於100個時，可以採用多引物PCR的策略尋找Linkage信息，關閉所有能夠關閉的Gap；如果最後還剩餘幾個Gap無法關閉，則可以採用基因組步移或文庫篩選的策略，如在對喜溫硫桿菌SM-1基因組Gap closure時，通過結合構建基因組文庫、Paired-End測序、多引物PCR以及Fosimid文庫篩選等多種策略最終完成了SM-1基因組的Gap closure。

⑷ 微生物基因組測序 精細圖 多少錢

這個要根據基因組大小來決定的，公司不同價格也不同，我們這有的實驗室（細菌）做完基因組測序才8000左右，比較便宜，真菌的比較貴，具體多少還真不清楚了

⑸ 微生物研究有哪些高通量測序手段

如何讀懂微生物測序數據質量宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

⑹ 微生物的基因測序已經完成了多少種

目前已經完成基因組測序的三大類微生物主要是
1、細菌,例如大腸桿菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌等
2、真菌,例如釀酒酵母、黑麴黴、產黃青黴、粗糙脈胞菌
3、病毒,T噬菌體、170

⑺ 腸道微生物基因組測序需要多少錢

腸道微生物基因組測序需要多少錢
全基因組測序，就是檢測出全部30億個鹼基對是怎麼排列的，從第一個到第30億個，一個都不落下。它是檢測人類所有基因組信息，不針對任何單個疾病或者因素的基因，但又囊括了之前所有單個基因檢測要用到的信息。要根據基因組的大小決定的。而且選擇測序的儀器也有區別。您如果自己購買儀器測序價格自然又有不同了。比如測一個5M的基因組，基本上用第二代測序儀器一個run即可完成，大概需要15萬RMB（含稅價格）。